SFC版とDS版の違い

DS版はSFC版の移植で、システム・シナリオ・戦闘のそれぞれに手が入っている。ここではSFC版から変わったところを挙げていく。

システムまわり

• 一部の町やダンジョンの構造が変わった（マルシェシエーナ、レイドック(上)の城下町、不思議な洞くつの1Fなど）
• 「おぼえる」「おもいだす」「わすれる」の会話記憶システムが廃止された（主人公は「おもいだす」等を習得しない）
• 仲間モンスターの仕組みが廃止され、代わりにイベントで8匹の仲間スライムが加わるようになった
• 職業の「魔物使い」が「魔物マスター」に変わった
• 上の世界、クリアベール西の大陸の北東部にすれ違いの館ができ、すれ違い通信ができるようになった（空飛ぶベッド入手後に到達可能。SFC版では同じ場所が「占いの館」だった）
• 隠しボスを20ターン以内に倒したときにはぐれのさとりを落としても、セーブすれば入手した状態で再開できるようになった（SFC版では、はぐれのさとり狙いなら20ターン以上かけて倒す必要があった）

シナリオまわり

• とうぞくのカギはマルシェシエーナの西テントの商人から最安値200Gで購入できる（SFC版でのこの商人はせかいちずを売っていた）
• モンスター図鑑がマルシェシエーナの宿屋で手に入る（とうぞくのカギが必要。SFC版では同じ場所にうろこのたてが入っていた。なお図鑑にボスは掲載されない）
• 地名・人名が変わった。シエーナ → マルシェ、サンディ → メラニィ

• 試練の塔で手に入るくじけぬこころはイベント後に回収されてしまう（ハッサンに勝とうが負けようが、この時点では入手できない。きんのゆびわのほうは入手可能）
• サンマリーノのカジノに100コインスロットが追加された
• ラーのカガミの入手以降、マーズの館に行くとルーラが強化される（井戸などを通らなくても、ルーラで上下の世界を行き来できるようになる）
• クリア後は職業の熟練度に関係なく、クリア後ダンジョンに挑戦できる
• 全職業の熟練度を5以上にすると、ダーマ神官からゴスペルリングがもらえる（このときダーマ神殿地下の燭台にすべて灯が点る）
• クリア後ダンジョンの中間地点デスコッドが、選択肢によって変わるようになった

仲間・戦闘まわり

• 人間キャラの耐性が無くなった（SFC版では例えばミレーユは混乱無効だったが、DS版では混乱する）
• ドランゴやスライム系には、敵モンスターの耐性がそのまま適用されるようになった（ドランゴはバトルレックスの耐性なので非常に優秀）
• テリーの初期レベルが28になり、戦士と武闘家を本当に極めたバトルマスター★1の状態で加入するようになった（SFC版では武闘家の熟練度が無いのにバトルマスターだった）
• マダンテの効果が「消費MPの2倍のダメージ」になった（SFC版では3倍）
• アストロンが「凍てつく波動」で解除されたあと、そのターンは行動できなくなった（SFC版では行動できた）
• 戦闘中の防具替えによるルカニのリセット技ができなくなった（SFC版では、戦闘中に装備品を変えると守備力の一時増減がリセットされていた）
• すてみのほうがしっぷうづきよりも早くなった
• ひゃくれつなめは次の敵の行動まで守備力が0になり、ついでに守備力の増減も0にする（「身震いしている」と表示されたら元に戻る。このときルカニも解除されてしまう。詳しくは『ひゃくれつなめ』の仕様）
• きせきのつるぎの回復量が「基本ダメージの1/4」になった（SFC版では与えたダメージが基準。この変更でバイキルトやもろばぎりを使っても回復量が変わらなくなった一方、はやぶさぎりによる総回復量はSFC版より増えた）
• しんぴのよろいの毎ターン回復量が30になった（SFC版では50）
• オルゴーのよろいをおしゃれな鍛冶屋で叩き直しても、耐性が残るようになった（SFC版では耐性が消えていた。当時の設定ミスだと思われる）
• ひとくいばこなどの罠モンスターのアイテムドロップ率が100%（必ず落とす）になった